Base de données de phénotypage profond des anomalies cranofaciales au cours du développement. FACE and SKULL for Key Innovative Data Science. FReSH-43661-fr Karmene Souyris Base de données de phénotypage profond des anomalies cranofaciales au cours du développement. FACE and SKULL for Key Innovative Data Science. FACE.S-4-KIDS FReSH-43661-fr Stanislas LYONNET INSTITUT IMAGINE France Recherche en Santé Humaine (FReSH) AGENCE NATIONALE DE LA RECHERCHE (ANR) null Stanislas;LYONNET Véronique;ABADIE Jeanne;AMIEL Geneviève;BAUJAT Valérie;CORMIER DAIRE Roman Hossein;KHONSARI Lisa;FRIEDLANDER Véronique;ABADIE Jeanne;AMIEL Geneviève;BAUJAT Valérie;CORMIER DAIRE Roman Hossein;KHONSARI Lisa;FRIEDLANDER Véronique;ABADIE Jeanne;AMIEL Geneviève;BAUJAT Valérie;CORMIER DAIRE Roman Hossein;KHONSARI Lisa;FRIEDLANDER CNIL craniofacial malformation craniosténose achondroplasie hypochondroplasie ostéogénèse imparfaite Pierre Robin fente palatine ostéochondrodysplasie Chirurgie Génétique médicale Odontologie Pédiatrie Ostéogenèse imparfaite Achondroplasie Hypochondroplasie Syndrome de Pierre Robin Syndrome de Muenke Syndrome d'Apert Syndrome de Pfeiffer Maladie de Crouzon Déterminants liés au système de santé Déterminants liés au système de santé : Qualité des soins Déterminants biologiques Déterminants biologiques : Prédisposition génétique Caractériser les composantes génotypiques et phénotypiques de la variabilité des maladies génétiques rares présentant des anomalies du développement cranio-facial. Un grand nombre de maladies génétiques rares convergent en présentant des anomalies du développement crâniofacial (plus de 2.100), quelles que soient les modalités d'expression de la maladie. La syndromologie et la dysmorphologie visent à réaliser des diagnostics performants par une analyse clinique simple et immédiate : l'inspection des caractéristiques physiques crânio-faciales. La solidité de ces approches est justifiée par le grand nombre de diagnostics génétiques pertinents et par la confirmation de leur origine génétique. Cependant, plusieurs observations suggèrent que cette approche atteint ses limites. liées à trois facteurs principaux : 1. épidémiologique, avec un nombre croissant de syndromes rapportés par next generation sequencing (NGS), tous rares ; 2. scientifique, avec une variabilité phénotypique pour un même génotype ; 3. académique, avec le défi de l'enseignement de ces compétences cliniques détenues par peu de spécialistes. La caractérisation clinique des phénotypes “tête et cou” est donc un enjeu majeur face à la question scientifique principale : une variabilité d’expression majeure. Variabilité entre individus atteints, dans une même famille, mais aussi avec l'âge chez une même personne. FACE.S-4-KIDS est un projet de base de données ambitieux abordant la question scientifique de l'expression variable des troubles craniofaciaux, vers une prise en charge clinique optimale (diagnostic, pronostic), et des plans de traitement personnalisés. FACE.S-4-KIDS tire parti de larges cohortes de patients bien caractérisés et génotypés, de services experts en malformations cranio-faciales (médicaux, chirurgicaux, imagerie), ainsi que de laboratoires de sciences fondamentales, en un même site. Depuis des années ils génèrent des quantités considérables de données (dossiers patients, imagerie, photographies, génomique, modèles animaux et cellulaires). FACE.S-4-KIDS a sélectionné 4 malformations prototypiques, s’exprimant avec des traits cranio-faciaux, et récapitulant les différentes questions ontologiques, embryologiques et anatomiques soulevées : - les craniosténoses liées à la signalisation FGFR ( (syndromes de Crouzon, Pfeiffer, Apert et Muenke), - les achondroplasie / hypochondroplasie, - les ostéogenèse imparfaite, - les anomalies dentaires, et fentes palatines et séquences de Pierre Robin, chacune soulevant des questions scientifiques spécifiques liées à la variabilité. En réunissant l'expertise multidisciplinaire des équipes de recherche d'Imagine : Bases moléculaires et physiopathologiques de l'ostéochondrodysplasie, Embryologie et génétique des malformations et Laboratoire de Bioinformatique Clinique avec Data science Plateform, et en associant 8 CRMR, 3 réseaux nationaux et 1 ERN, nous visons à répondre aux questions fondamentales, collectives mais aussi spécifiques de chaque archétype, liées à l'expression variable : origines des résultats imprévisibles après un traitement chirurgical dans les craniosténoses liées aux FGFR, relation entre le phénotype et la gravité dans l'achondroplasie, liens entre les phénotypes dentaire et osseux dans l'ostéogenèse imparfaite et facteurs prédictifs des résultats fonctionnels et cognitifs dans les fentes palatines ou séquences de Robin. France Ile-de-France Individus Patients Féminin Masculin Nouveau-né ( naissance à 28j) Nourrisson (28j à 2 ans) Petite enfance (2 à 5 ans) Enfance (6 à 12 ans) Adolescence (13 à 18 ans) Adulte (19 à 24 ans) Adulte (25 à 44 ans) 1) Patients souffrant d'une de ces pathologies : craniosténoses liées à la signalisation FGFR OU achondroplasie / hypochondroplasie, OU ostéogenèse imparfaite OU séquence de Pierre Robin 2) Patients ayant bénéficié ou non d'un séquençage du génome dans le cadre du soin et ayant (ou titulaires de l'autorité parentale le cas échéant) consenti à la conservation des reliquats de leurs échantillons biologiques dans l'une de ces collections : Chondroplasie et craniosténose, Maladies Osseuses Constitutionnelles, Anomalies du Développement 3) Patients ayant bénéficié d'une imagerie craniofaciale (TDM ou IRM) dans le cadre du soin Données cliniques Données biologiques Données génétiques / génomiques HPO (Human Phenotype Ontology); ATC (Anatomical Therapeutic Chemical Classification System); HGNC (HUGO Gene Nomenclature Commitee) Patient ayant un diagnostic confirmé de craniosténose (lié au gène FGFR), ostéogénèse imparfaite, Achondroplasie/Hypochondroplasie ou Pierre Robin Patient ayant un analyse génotypique réalisée et de l'imagerie disponible Longitudinale rétrospective Fréquence différente en fonction de la pathologie du patient parmi le 4 selectonnés par FACES4KIDS. Actuellement 25 par mois Non probabiliste {"concept":{"vocab":"CESSDA","vocabURI":"Nonprobability.Availability"},"value":"Non probabiliste : disponibilité (de convenance ou d Via des structures (services ou établissements de santé écoles entreprises…) [1000-10000[ individus Transcription et saisie d’informations dans un enregistrement structuré Consultation de dossiers médicaux patients Application ORBIS Enrichissement des données par croisement (autre que le suivi passif) Dossier du patient Données extraites des bases de données de soins des différents services hospitalier participant à l'étude Base de données soins de Necker Ajout d'individus Dossier du patient Base médico-administrative Etude observationnelle Etude observationnelle Cohorte 1500 Étude en cours Stockage actuel dans les serveurs de l'Institut Imagine avant migration vers France Cohortes Accès réservé Stanislas;LYONNET Karmène;SOUYRIS Fatima;MADANI ALAOUI Obligation de citation: Frances Cohortes, Institut Imagine Validation par la gouvernance de la cohorte. Les données seront hébergées sur le système d'information France Cohortes. La demande d'accès aux données doit être validée par la gouvernance de la cohorte. Lorsque que la mise à disposition des données est acceptée, l'utilisateur peut accéder à la bulle sécurisée mise ne place par France Cohortes contenant l'extraction des données et les logiciels d'analyses.